На расстоянии 340 миллионах километров от Земли руководить маневрами из центра управления полетом было невозможно: слишком долго идет сигнал. Все маневры по спуску с 20-километровой орбиты и посадку на относительно ровную площадку диаметром всего 6 метров Хаябуса-2 совершил самостоятельно. Ориентиром в маневрах служил отражающий свет маячок, сброшенный на поверхность астероида заранее.
Опустившись на поверхность, зонд выстрелил пятиграммовой танталовой пулей в поверхность и собрал в контейнер поднявшиеся частицы. Процедура была отработана в земной лаборатории, на образцах похожего гравия. Весь процесс сбора образцов продолжался чуть меньше 2-х секунд.
В настоящее время зонд вернулся на базовую орбиту. Предполагается, что Хаябуса-2 совершит еще две посадки, в марте или апреле 2019 года, и продолжит сбор образцов. В конце года, выполнив все задачи, аппарат начнет обратный перелет на Землю.